Il 2 maggio 1975 Zapponeta conquista la libertà da Manfredonia

Le origini del centro abitato risalgono al 1768, quando il barone Michele Zezza favorì l'insediamento di un nucleo di braccianti in un suo latifondo costruendo per loro un primo lotto di case e la chiesa di san Michele Arcangelo. Zapponeta è stata fino ai primi dell'Ottocento frazione di Barletta e poi con l'Unità d'Italia è divenuta frazione di Manfredonia fino al 1975, quando ha ottenuto l'autonomia amministrativa.  La patata di Zapponeta è stata riconosciuta dal D.Lgs. 173/1998 come prodotto agroalimentare tradizionale pugliese, così come la cipolla e la carota.